CLOR jest podzielone na 3 zakłady, w ramach których działają 3 laboratoria oraz 1 pracownia:
- Zakład Higieny Radiacyjnej (Z-I),
- Laboratorium Analiz Radiochemicznych i Spektrometrycznych
- Zakład Dozymetrii (Z-II),
- Laboratorium Pomiarów Promieniotwórczości Naturalnej
- Zakład Kontroli Dawek i Wzorcowania (Z-III)
- Laboratorium Wzorcowania Przyrządów dozymetrycznych i Radonowych
- Pracownia Dawek Indywidualnych i Środowiskowych
oraz Dział Szkolenie i Informacji
