CLOR jest podzielone na 3 zakłady: Zakład Higieny Radiacyjnej (Z-I), Zakład Dozymetrii (Z-II), Zakład Kontroli Dawek i Wzorcowania (Z-III) i 3 Działy: Dział Szkolenia i Informacji, Dział Administracyjno-Gospodarczy, Dział Księgowości oraz Zespół Prewencji i Służby Dozymetrycznej CLOR. W ramach Zakładów działają laboratoria tj. Laboratorium Analiz Radiochemicznych i Spektrometrycznych (Z-I), Laboratorium Pomiarów Jodu Promieniotwórczego w Tarczycy (Z-III), Laboratorium Wzorcowania Przyrządów dozymetrycznych i Radonowych (Z-III) oraz pracowanie: Pracownia Promieniotwórczości Naturalnej (Z-II), Pracownia Dozymetrii Radonu (Z-III), Pracownia Dawek Indywidualnych i Środowiskowych (Z-III), Pracowania Cytogenetycznej Rekonstrukcji Dawek (Z-III).